Analisis Keragaman Varietas Padi (Oryza Sativa L.) Lokal Indonesia Menggunakan Marka Molekuler Terkait Ketahanan Terhadap Salinitas

Rachmandika, Firdha Chaylia Ayu (2023) Analisis Keragaman Varietas Padi (Oryza Sativa L.) Lokal Indonesia Menggunakan Marka Molekuler Terkait Ketahanan Terhadap Salinitas. Other thesis, Institut Teknologi Sepuluh Nopember.

Text 5005201098-Undergraduate_Thesis.pdf - Accepted Version Restricted to Repository staff only until 1 October 2026. Download (1MB) | Request a copy

Abstract

Laporan Indeks Ketahanan Pangan Indonesia (IKP) tahun 2022 menunjukkan terdapat 74 kabupaten/kota di Indonesia yang masuk kategori IKP rendah. Beras (Oryza sativa L.) merupakan komoditas andalan dalam memenuhi kebutuhan pangan Indonesia. Tantangan utama dalam produksi padi adalah tingginya laju konversi lahan produksi ke penggunaan non-produktif. Penanaman di daerah marginal dengan kadar garam tinggi dengan menggunakan jalur yang tahan terhadap cekaman salinitas merupakan salah satu strategi solusi penting yang dapat diterapkan. Pemilihan galur yang tahan terhadap cekaman salinitas dapat dipercepat dengan menggunakan penanda molekuler. Analisis Random Aplified Polymorphic DNA (RAPD) digunakan untuk mengevaluasi variabilitas genetik pada lima plasma nutfah padi terpilih (Oryza sativa L.) menggunakan sepuluh primer RAPD. DNA diekstraksi dari berbagai jenis padi menggunakan metode CTAB 2% dan diamplifikasi menggunakan 10 marka RAPD. Analisis yang terfokus pada investigasi mengungkapkan tingginya tingkat polimorfisme antara varietas dan kesamaan genetik. Primer menghasilkan 184 pita, 168 di antaranya polimorfik, menunjukkan polimorfisme 100% dan hanya OPI-01 yang menunjukkan polimorfisme 94%. Ukuran pita yang diperkuat berkisar antara 250 bp hingga 1920 bp. Primer OPC-02 menunjukkan hasil yang paling menjanjikan, dengan nilai PIC sebesar 0,431. Menyarankan potensinya sebagai penanda toleransi salinitas. Namun demikian, diperlukan penelitian lebih lanjut untuk memetakan dan mengidentifikasi tingkat toleransi salinitas pada genotipe padi yang digunakan dalam penelitian ini.
================================================================================================================================
The 2022 Indonesian Food Security Index (IKP) report shows that there are 74 districts/cities in Indonesia in the low IKP category. Rice (Oryza sativa L.) is a key commodity in meeting Indonesia's food needs. The main challenge in rice production is the high rate of conversion of production land to non-productive use. Planting in marginal areas with high salt levels using lines that are resistant to salinity stress is one vital solution strategy that can be implemented. Selection of lines that are resistant to salinity stress can be accelerated by using molecular markers. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) analysis was utilized to evaluate genetic variability in five selected rice germplasms (Oryza sativa L.) using ten RAPD primers. DNA was extracted from various rice types using the CTAB 2% method and amplified using 10 RAPD markers. The analysis focused on investigation reveals a high level of polymorphism between the varieties and the genetic similarity. The primers produced 184 bands, of which 168 were polymorphic, indicating 100% polymorphism and only OPI-01 indicated 94% polymorphism. The size of the amplified bands ranged from 250 bp to 1920 bp. The OPC-02 primer showed the most promising results, with a PIC value of 0.431. Suggesting its potential as a salinity tolerance marker. However, further research is needed to map and identify the levels of salinity tolerance in the rice genotypes used in this study.

Item Type:	Thesis (Other)
Uncontrolled Keywords:	Cekaman Salinitas, DNA, Keragaman genetika dan Oryza sativa L., Primer RAPD, Genetic diversity, RAPD primer, Salinity stress
Subjects:	S Agriculture > S Agriculture (General) > S494.5.D58 Diversification S Agriculture > SB Plant culture > SB191.R5 Rice farming S Agriculture > SB Plant culture > SB409.58 Plant propagation. Including in vitro propagation
Divisions:	Faculty of Science and Data Analytics (SCIENTICS) > Biology > 46201-(S1) Undergraduate Thesis
Depositing User:	FIRDHA CHAYLIA AYU RACHMANDIKA
Date Deposited:	27 Jun 2024 01:10
Last Modified:	27 Jun 2024 01:10
URI:	http://repository.its.ac.id/id/eprint/108075

Actions (login required)

View Item