TRI ANDRIANI, - (2016) APLIKASI METODE UPGMA UNTUK IDENTIFIKASI KEKERABATAN JENIS VIRUS DAN PENYEBARAN EPIDEMI EBOLA MELALUI PEMBENTUKAN POHON FILOGENETIK. Masters thesis, Institut Teknologi Sepuluh Nopember.
Preview |
Text
1213201045-Abstract.pdf - Published Version Download (787kB) | Preview |
Preview |
Text
1213201045-Master Thesis.pdf - Published Version Download (8MB) | Preview |
Preview |
Text
1213201045-conclusion.pdf - Published Version Download (468kB) | Preview |
Abstract
Penyakit ebola atau dalam bahasa medis Ebola Virus Disease (EVD) adalah penyakit
yang disebabkan oleh sejenis virus dari genus Ebolavirus (EBOV), famili Filoviridae.
Virus ebola diklasifikasikan ke dalam 5 jenis, yaitu Zaire ebolavirus (ZEBOV),
Sudan ebolavirus (SEBOV), Bundibugyo ebolavirus (BEBOV), Tai Forest ebolavirus
yang juga dikenal sebagai Cote d’Ivoire ebolavirus (CIEBOV), dan Reston
ebolavirus (REBOV). Identifikasi kekerabatan jenis virus ebola dan penyebarannya
dapat dilakukan dengan menggunakan pohon filogenetik. Pada penelitian ini, pohon
filogenetik dibangun dengan Metode UPGMA yang didalamnya terdapat Multiple
Alignment. Multiple Alignment menggunakan Metode Progressive yang didalamnya
terdapat pensejajaran berpasangan menggunakan Algoritma Needleman Wunsch.
Hasil pembentukan pohon fillogenetik disimpulkan bahwa hubungan kekerabatan
jenis virus ebola tidak dapat disimpulkan secara umum, sebab tergantung pada type
protein yang dibandingkan.. Misal pada type minor nucleoprotein jenis Zaire
ebolavirus dekat dengan Sudan ebolavirus. Pada type membrane associated protein
VP 24 jenis Zaire ebolavirus dekat dengan Bundibugyo ebolavirus. Berdasarkan
pohon filogenetik data DNA, jenis Tai Forest ebolavirus dekat dengan Bundibugyo
ebolavirus tetapi letak negara penyebaran epidemi ebola berjauhan. Jarak genetik
untuk jenis Bundibugyo ebolavirus dengan Tai Forest ebolavirus adalah 0.3725.
Jenis Tai Forest ebolavirus mirip dengan Bundibugyo ebolavirus tidak dipengaruhi
oleh kedekatan daerah penyebaran epidemi ebola.
| Item Type: | Thesis (Masters) |
|---|---|
| Additional Information: | RTMa 575.642 Tri a |
| Uncontrolled Keywords: | metode upgma, multiple alignment, pohon filogenetik, virus ebola |
| Subjects: | Q Science Q Science > QA Mathematics Q Science > QA Mathematics > QA75 Electronic computers. Computer science. EDP Q Science > QA Mathematics > QA76 Computer software |
| Divisions: | Faculty of Mathematics and Science > Mathematics > 44101-(S2) Master Thesis |
| Depositing User: | Mr. Tondo Indra Nyata |
| Date Deposited: | 28 Dec 2016 06:47 |
| Last Modified: | 27 Dec 2018 07:54 |
| URI: | http://repository.its.ac.id/id/eprint/1225 |
Actions (login required)
 |
View Item |