Dewi, Alfiana Ririsati (2018) Penerapan Algoritma Needleman-Wunsch untuk Mengidentifikasi Mutasi pada Sekuen DNA Virus Korona - Application Of Needleman-Wunsch Algorithm To Identify Mutations In Corona Virus DNA Sequences. Undergraduate thesis, Institut Teknologi Sepuluh Nopember.
Preview |
Text
06111440000013-Undergraduate_Theses.pdf - Accepted Version Download (1MB) | Preview |
Abstract
Virus korona merupakan virus yang mampu melakukan mutasi dengan sangat cepat dan banyak sekali virus lain yang muncul akibat mutasi virus ini. Untuk mengetahui letak mutasi virus korona jenis satu dengan yang lainnya, dapat dilakukan penyejajaran sekuen DNA tersebut menggunakan algoritma Needleman-Wunsch. Data virus korona diambil dari Genbank National Center for Biotechnology Information mulai tahun 1985-1992. Algoritma Needleman-Wunsch merupakan algoritma global alignment dimana penyejajarannya dilakukan ke semua sekuen dengan kompleksitas O(mn) dan mampu menghasilkan alignment yang optimal. Tahapan penting dalam tugas akhir ini adalah pertama, dilakukan penyejajaran sekuen dari dua DNA virus korona menggunakan algoritma Needleman-Wunsch. Kedua, dilakukan identifikasi letak mutasi dari DNA virus tersebut. Hasil dari tugas akhir ini adalah suatu penyejajaran dan letak mutasi dari kedua sekuen tersebut. Hasil identifikasi mutasi DNA tersebut dapat digunakan untuk mengetahui virus lain hasil mutasi virus korona sekaligus dapat digunakan dalam bidang kesehatan sebagai acuan pembuatan obat untuk penyakit hasil mutasi virus korona.
===========================================================================================================
Corona virus is a virus capable of mutating very quickly and many other viruses that arise due to mutations of this virus. To find out the location of corona virus mutations of one type to another, DNA sequences can be aligned using the Needleman-Wunsch algorithm. Corona virus data was taken from Genbank National Center for Biotechnology Information from 1985-1992. The Needleman-Wunsch algorithm is a global alignment algorithm in which alignment is performed to all sequences with the complexity of O (mn) and is capable of producing optimal alignment. An important step in this final project is the sequence alignment of two corona viruses using the Needleman-Wunsch algorithm. Second, identification of the location of mutations from the DNA of the virus. The result of this final project is an alignment and the location of mutations of both sequences. The results of identification DNA mutation can be used to find out other viruses mutation corona virus as well as can be used in the field of health as a reference for the manufacture of drugs for corona virus mutation outcome.
| Item Type: | Thesis (Undergraduate) |
|---|---|
| Additional Information: | RSMa 518.1 Dew p 3100018076401 |
| Uncontrolled Keywords: | Algoritma Needleman-Wunsch, Penyejajaran sekuen, Neeleman-Wunsch Algorithm, Sequence Alignment |
| Subjects: | Q Science > QA Mathematics Q Science > QA Mathematics > QA9.58 Algorithms |
| Divisions: | Faculty of Mathematics and Science > Mathematics > 44201-(S1) Undergraduate Thesis |
| Depositing User: | Alfiana Ririsati Dewi |
| Date Deposited: | 15 Jan 2019 07:29 |
| Last Modified: | 04 Feb 2021 07:15 |
| URI: | http://repository.its.ac.id/id/eprint/58398 |
Actions (login required)
 |
View Item |