Simulasi Dinamika Molekuler Senyawa Trisindolina 5 Sebagai Kandidat Obat Antikanker Dengan Menghambat Protein Pada Jalur Kanker

Oktyasti, Evira Nadila (2023) Simulasi Dinamika Molekuler Senyawa Trisindolina 5 Sebagai Kandidat Obat Antikanker Dengan Menghambat Protein Pada Jalur Kanker. Masters thesis, Institut Teknologi Sepuluh Nopember.

Text 6005211004-Master_Thesis.pdf - Accepted Version Restricted to Repository staff only until 1 October 2025. Download (7MB) | Request a copy

Abstract

Kanker adalah salah satu penyebab kematian tertinggi di dunia. Salah satu jenis kanker adalah kanker hati atau Hepatocellular Carcinoma (HCC) dengan total kasus 90% setiap tahunnya. Penyebab kanker adalah terganggunya proses apoptosis pada beberapa jalur kanker seperti intrinsik dan ekstrinsik maupun jalur lain yang dapat mematikan sel normal seperti PI3K, MAPK, p53, Cdk-2, protein yang berperan dalam jalur apoptosis seperti caspase-8 dan caspase-9. Berdasarkan hal tersebut maka penelitian obat kanker melalui beberapa jalur pada kanker diperlukan untuk meminimalisir efek samping terhadap organ atau sel yang normal. Salah satu kandidat obat antikanker yang sedang dikembangkan adalah Trisindolina 5. Penelitian ini dimaksudkan untuk melakukan uji mekanisme antikanker dari senyawa Trisindolina 5 melalui beberapa jalur yang berperan dalam pertumbuhan kanker hati secara in-silico menggunakan metode docking molecular dengan perangkat lunak Autodock Vina yang dilanjutkan dengan metode Molecular Dynamics (MD) Simulation dengan metode QM/MM dengan AMBER. Protein target yang digunakan adalah PI3K, MAPK, p53, Cdk-2, caspase-8 dan caspase-9. Nilai binding affinity dari molecular docking tertinggi antara protein target p53 dengan senyawa Trisindolina 5 yaitu sebesar -9.3 kcal/mol serta PI3K dengan senyawa Trisindolina 5 yaitu -9.9 kcal/mol. Hasil dari RMSD, RMSF, dan ikatan hidrogen pada Molecular Dynamics (MD) Simulation menunjukkan protein p53 membentuk protein paling stabil dengan Trisindolina 5, Sehingga, ligan Trisindolina 5 berpontensi untuk menjadi antikanker.
===============================================================================================================================
Cancer is one of the highest causes of death in the world. One type of cancer is liver cancer or Hepatocellular Carcinoma (HCC) with a total of 90% cases annually. The cause of cancer is the disruption of the apoptotic process in several cancer pathways such as intrinsic and extrinsic as well as other pathways that can kill normal cells such as PI3K, MAPK, p53, Cdk-2, proteins that play a role in the apoptotic pathway such as, caspase-8 and caspase-9. Based on this, cancer drug research through several pathways in cancer is needed to minimize side effects on normal organs or cells. One of the anticancer drug candidates being developed is Trisindolina 5. This research is intended to test the anticancer mechanism of the Trisindolina 5 compound through several pathways that play a role in in-silico liver cancer growth using the molecular docking method with Autodock Vina software followed by the Molecular Dynamics (MD) Simulation with the QM/MM method with AMBER. The target proteins used were PI3K, MAPK, p53, Cdk-2, caspase-8 dan caspase-9. The highest binding affinity value for molecular docking was between p53 target protein and Trisindolina 5 compound, namely -9.3 kcal/mol and PI3K and Trisindolina 5 compound, namely -9.9 kcal/mol. The results of RMSD, RMSF, and hydrogen bonding in the Molecular Dynamics (MD) Simulation showed that the p53 protein forms the most stable protein complex with Trisindolina 5. Thus, the Trisindolina 5 ligand has the potential to be anticancer.

Item Type:	Thesis (Masters)
Uncontrolled Keywords:	Apoptosis, Cancer, Docking, MD Simulations, Trisindoline Apoptosis, Docking, Kanker, MD Simulation, Trisindolina 5
Subjects:	Q Science > QH Biology > QH301 Biology Q Science > QP Physiology > QP624 Molecular biology.
Divisions:	Faculty of Science and Data Analytics (SCIENTICS) > Biology > 46101-(S2) Master Thesis
Depositing User:	Evira Nadila Oktyasti
Date Deposited:	11 Sep 2023 01:55
Last Modified:	11 Sep 2023 01:55
URI:	http://repository.its.ac.id/id/eprint/103848

Actions (login required)

View Item