Islam, Livya Safira (2026) Desain dan Penggunaan Primer Berbasis Gen 12S rRNA dan COI untuk Identifikasi Fragmen DNA Tikus Rumah (Mus musculus) pada Makanan dengan Menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction. Masters thesis, Institut Teknologi Sepuluh Nopember.
![[thumbnail of 6008232004-Master_Thesis.pdf]](http://repository.its.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text
6008232004-Master_Thesis.pdf - Accepted Version Restricted to Repository staff only Download (4MB) | Request a copy |
Abstract
Deteksi fragmen DNA tikus rumah (Mus musculus), yang termasuk spesies haram di makanan, dapat dilakukan menggunakan metode real-time polymerase chain reaction (real-time PCR). Pada metode ini, primer merupakan komponen krusial yang berfungsi dalam mendeteksi biomarker. Sekuens DNA pendek ini membentuk pasangan basa komplementer dengan cetakan DNA target. Primer didesain dengan memanfaatkan sekuens mitochondrial DNA (mtDNA) spesies sasaran. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan sekuens primer dari gen 12S rRNA dan COI untuk amplifikasi fragmen DNA tikus rumah, melakukan optimasi suhu annealing pada reaksi di real-time PCR, dan memvalidasi penggunaan primer terpilih. Metode penelitian meliputi pemilihan primer, isolasi DNA, optimasi suhu annealing, dan validasi (studi spesifisitas, sensitivitas, dan keterulangan). Pasangan primer yang digunakan yakni dari gen 12S rRNA (F: 5’-ACGACAGCTAAGACCCAAAC-3’ dan R: 5’-GGCTAGTAGTTCTCTGGCAAAT-3’) dan gen COI (F: 5′-CTACTATTCGGAGCCTGAGC-3′ dan R: 5′-GGCTCCGATTATTAGTGGG-3′). Hasil pengujian menunjukkan bahwa suhu annealing optimum masing-masing primer adalah 59 °C untuk 12S rRNA dan 57 °C untuk COI. Primer 12S rRNA memiliki sensitivitas dan keterulangan yang baik, akan tetapi tidak menunjukkan spesifisitas terhadap DNA target. Sedangkan, primer COI menunjukkan kemampuan diskriminasi yang lebih baik terhadap DNA nontarget serta memiliki sensitivitas dan keterulangan yang baik.
=================================================================================================================================
The detection of house mouse (Mus musculus) DNA fragments, which are prohibited species in food, can be performed using the real-time polymerase chain reaction (real-time PCR). In this method, primers are crucial components used for detecting biomarkers. These short DNA sequences form complementary base pairs with the target DNA template. Primers are designed by utilising the mitochondrial DNA (mtDNA) sequence of the target species. This study aimed to determine the primer sequences of the 12S rRNA and COI genes for the amplification of house mouse DNA fragments, optimise the annealing temperature in the real-time PCR reaction, and validate the use of the selected primers. The research methods include primer selection, DNA isolation, optimisation of annealing temperature, and validation (specificity, sensitivity, and repeatability studies). The primer pairs used were from the 12S rRNA gene (F: 5'-ACGACAGCTAAGACCCAAAC-3' and R: 5'-GGCTAGTAGTTCTCTGGCAAAT-3') and the COI gene (F: 5'-CTACTATTCGGAGCCTGAGC-3' and R: 5' -GGCTCCGATTATTAGTGGG-3′). The test results showed that the optimum annealing temperature for each primer was 59 °C for 12S rRNA and 57 °C for COI. The 12S rRNA primer had good sensitivity and repeatability but did not demonstrate specificity toward the target DNA. By comparison, the COI primer showed better discrimination against nontarget DNA with good sensitivity and repeatability.
| Item Type: | Thesis (Masters) |
|---|---|
| Uncontrolled Keywords: | 12S rRNA, COI, DNA tikus, Primer, Real-time PCR, 12S rRNA, COI, Mouse DNA, Primer, Real-time PCR. |
| Subjects: | T Technology > TP Chemical technology > TP248.3 Biochemical engineering. Bioprocess engineering |
| Divisions: | Faculty of Industrial Technology > Chemical Engineering > 24101-(S2) Master Thesis |
| Depositing User: | Livya Safira Islam |
| Date Deposited: | 02 Feb 2026 03:02 |
| Last Modified: | 02 Feb 2026 03:02 |
| URI: | http://repository.its.ac.id/id/eprint/131668 |
Actions (login required)
 |
View Item |