Molekular Docking dan Analisis Farmakofor Senyawa Trisindolina 1 Dengan Enzim Human Topoisomerase II (Topo II) dan Human Derived Growth Factor (PDGF) Sebagai Studi Alternatif Obat Kanker Hati

Indiani, Adik Mayang (2021) Molekular Docking dan Analisis Farmakofor Senyawa Trisindolina 1 Dengan Enzim Human Topoisomerase II (Topo II) dan Human Derived Growth Factor (PDGF) Sebagai Studi Alternatif Obat Kanker Hati. Masters thesis, Institut Teknologi Sepuluh Nopember.

Text 01311950010002_01311950010002-Master_Thesis.pdf - Accepted Version Restricted to Repository staff only until 1 April 2023. Download (1MB) | Request a copy

Abstract

Kanker adalah penyakit yang disebabkan oleh genom abnormal yang terjadi akibat kerusakan gen yang mengatur diferensiasi sel. Kanker hati adalah salah satu kanker dengan insidensi yang meningkat dan merupakan salah satu penyebab kematian paling umum di seluruh dunia. Sejak dekade terakhir, telah terjadi peningkatan progresif dalam strategi perancangan obat secara komputasi. Terapi dengan target kerja molekuler menjadi salah satu sasaran pengembangan calon obat anti kanker oleh peneliti di masa ini. Enzim DNA Topoisomerase II mengatur proses seluler esensial dengan mengubah topologi DNA kromosom. Sebagai kombinasi multitarget dengan ezim DNA Topoisomerase II, Human platelet derived growth factor (PDGF) merupakan reseptor yang sesuai sebagai target antikanker dan PDGF merupakan faktor pertumbuhan turunan trombosit yang digunakan sebagai penanda prognosis untuk kanker hati. Trisindolina 1: 5’-nitro- [3,3 ’: 3’, 3 ”-terindolin] -2’-one, senyawa alami yang berpotensi sebagai antikanker, menunjukkan efek sitotoksik yang tinggi pada jalur sel HepG2. Studi docking dilakukan terhadap Topoisomerase II dan PDGF. Dengan memanfaatkan pendekatan pembentukan farmakofor berbasis ligan dan skrining virtual terhadap obat kontrol (Doksorubisin). Molecular docking dilakukan dengan menggunakan Trisindolina 1 menggunakan PyRx, Pymol, dan LigPlot. Hasil dari penelitian ini adalah nilai binding energy pada senyawa Trisindolina 1 dengan enzim Human PDGF adalah -9,7 Kcal/mol dan doxorubicin -9,0 Kcal/mol. Nilai binding energy pada senyawa Trisindolina 1 dengan enzim Human Topoisomerase II -10,1 Kcal/mol dan doxorubixin -9,2 Kcal/mol. Analisis farmakofor Trisindolina 1 sudah memenuhi parameter sifat mirip obat druglikeness dan toksisitasnya lebih rendah dibandingkan dengan Doxorubicin. Trisindolina 1 diasumsikan dapat menghambat enzim PDGF dan Human Toposiomera II pada kanker hati melalui apoptosis.
================================================================================================
Cancer is a disease caused by an abnormal genome that occurs due to damage to genes that regulate cell differentiation. Liver cancer is one of the cancers with an increasing incidence and is one of the most common causes of death worldwide. Since the last decade, there has been a progressive increase in computational drug design strategies. Therapy with molecular work targets is one of the targets for the development of potential anti-cancer drugs by researchers at this time. DNA topoisomerase II enzymes regulate essential cellular processes by changing the topology of chromosomal DNA. As a multitarget combination with the DNA Topoisomerase II enzyme, Human platelet derived growth factor (PDGF) is a suitable receptor as an anticancer target and PDGF is a platelet derived growth factor used as a prognostic marker for liver cancer. Trisindolina 1: 5'-nitro- [3,3 ": 3", 3 "-terindoline] -2'-one, a natural compound with potential as an anticancer, exhibits high cytotoxic effects on the HepG2 cell line. Docking studies were carried out on topo-II and PDGF. By utilizing a ligand-based pharmacophore formation approach and virtual screening of control drugs (Doxorubicin). Molecular docking was performed using Trisindolina 1 using PyRx, Pymol, and LigPlot. The results of this study are the binding energy value of the Trisindolina 1 compound with the Human PDGF enzyme is -9.7 Kcal / mol and doxorubicin -9.0 Kcal / mol. The binding energy value of the Trisindolina 1 compound with the Human Topoisomerase II enzyme -10.1 Kcal / mol and doxorubixin -9.2 Kcal / mol. The pharmacophore analysis of Trisindolina 1 has fulfilled the drug-like properties parameter of druglikeness and its toxicity is lower than that of Doxorubicin. Trisindolina 1 is assumed to inhibit the PDGF and Human Toposiomerase II in liver cancer through apoptosis.

Keywords: Molecular docking, Pharmacophore, PDGF, Trisindolina 1, Topo-II

Item Type:	Thesis (Masters)
Uncontrolled Keywords:	Kata Kunci : Farmakofor, Molecular docking, PDGF, Trisindolina 1, Topo-II Keywords: Molecular docking, Pharmacophore, PDGF, Trisindolina 1, Topo-II
Subjects:	Q Science > QH Biology Q Science > QH Biology > QH301 Biology R Medicine > RM Therapeutics. Pharmacology
Divisions:	Faculty of Science and Data Analytics (SCIENTICS) > Biology > 46101-(S2) Master Thesis
Depositing User:	Adik Mayang Indiani
Date Deposited:	08 Mar 2021 04:28
Last Modified:	08 Mar 2021 04:28
URI:	http://repository.its.ac.id/id/eprint/83705

Actions (login required)

View Item