Identifikasi Bakteri Br-isp2-1 Dari Kawasan Kawah Gunung Bromo Dengan Pendekatan Filogenetik

Purnamasari, Jelita Ayu (2021) Identifikasi Bakteri Br-isp2-1 Dari Kawasan Kawah Gunung Bromo Dengan Pendekatan Filogenetik. Undergraduate thesis, Institut Teknologi Sepuluh Nopember.

Text 01211740000012_Undergraduate_Thesis.pdf - Accepted Version Restricted to Repository staff only until 1 October 2023. Download (1MB) | Request a copy

Abstract

Cara terbaru untuk mengidentifiasi suatu mikroba adalah dengan metode filogenetik. Pendekatan yang dilakukan adalah menentukan urutan nukleotida pada 16S-rRNA yang terkandung dalam bakterinya. Bakteri yang diambil berasal dari kawasan kawah Gunung Bromo dengan kode BR-ISP2-1. Isolat diperbanyak menggunakan metode streak plate dengan media ISP2, diekstrak DNAnya menggunakan Qiagen DNA Mini Kit. Template DNA dari ekstraksi DNA, diamplifikasi gen 16S-rRNAnya dengan primer 27F dan 1492R menggunakan PCR. Gel elektroforesis dilakukan untuk mengetahui bahwa proses PCR telah berhasil dilakukan dengan menunjukkan satu noda yang dapat dibaca dengan jelas. Sekuensing DNA digunakan untuk menentukan urutan nukleotida dari DNA sehingga dapat dianalisis filogenetiknya menggunakan bantuan database NCBI dengan program BLAST dan software MEGA-X untuk membentuk pohon filogenetik. Dalam proses sekuensing DNA juga menggunakan PCR dan elektroforesis untuk mengetahui urutan nukleotidanya. Perbanyakan bakteri menghasilkan koloni berwarna kuning kecoklatan. Hasil elektroforesis DNA diperoleh satu noda yang menunjukkan adanya fragmen sebanyak ±1200 bp. Hal tersebut menunjukkan hasil PCR telah berhasil dilakukan. Sekuensing DNA menghasilkan urutan basa nukleotida sebanyak 1214 dan dianalisis filogenetiknya dengan hasil bahwa isolat BR-ISP2-1 memiliki kemiripan sebanyak 97,96% dengan Pseudomonas aeruginosa strain KI5.3.
================================================================================================
The latest way to identify a microbe is by phylogenetic methods. The approach taken is to determine the nucleotide sequence in the 16S-rRNA contained in the bacteria. Bacteria taken from the crater area of Mount Bromo with the code BR-ISP2-1. The isolates were propagated using the streak plate method with ISP2 media, DNA was extracted using the Qiagen DNA Mini Kit. DNA template from DNA extraction, the 16S-rRNA gene was amplified with primers 27F and 1492R using PCR. Gel electrophoresis was carried out to determine that the PCR process had been successfully carried out by showing one spot that could be read clearly. DNA sequencing is used to determine the nucleotide sequence of DNA so that it can be analyzed phylogenetic using the NCBI database with the BLAST program and MEGA-X software to form a phylogenetic tree. In the DNA sequencing process, PCR and electrophoresis are also used to determine the nucleotide sequence. Bacterial propagation produces brownish-yellow colonies. The results of DNA electrophoresis obtained one stain which indicated the presence of fragments of ±1200 bp. This shows that the PCR results have been successfully carried out. DNA sequencing resulted in 1214 nucleotide bases and phylogenetic analysis with the result that isolate BR-ISP2-1 had 97.96% Pseudomonas aeruginosa strain KI5.3.

Item Type:	Thesis (Undergraduate)
Uncontrolled Keywords:	Amplifikasi gen 16S-rRNA, Ekstraksi DNA, Elektroforesis, Filogenetik, Polymerase chain reaction, Gene 16S-rRNA amplification, DNA extraction, Electrophoresis, Phylogenetic, Polymerase chain reaction.
Subjects:	Q Science > QD Chemistry > QD251.2 Chemistry, Organic. Biochemistry Q Science > QH Biology > QH426 Genetics Q Science > QR Microbiology
Divisions:	Faculty of Mathematics and Science > Chemistry > 47201-(S1) Undergraduate Thesis
Depositing User:	Jelita Ayu Purnamasari
Date Deposited:	15 Aug 2021 03:30
Last Modified:	15 Aug 2021 03:30
URI:	http://repository.its.ac.id/id/eprint/86646

Actions (login required)

View Item