Deteksi Viral Hemorrhagic Septicemia Virus (VHSV) pada Ikan Hias Air Laut dengan Metode Reverse Transcription-PCR (RT-PCR) dan Reverse Transcription Real Time PCR (rRT-PCR)

Berliana, Ni Putu Sinta (2022) Deteksi Viral Hemorrhagic Septicemia Virus (VHSV) pada Ikan Hias Air Laut dengan Metode Reverse Transcription-PCR (RT-PCR) dan Reverse Transcription Real Time PCR (rRT-PCR). Other thesis, Institut Teknologi Sepuluh Nopember.

Text 01311840000017-Undergraduate_Thesis.pdf - Accepted Version Restricted to Repository staff only until 1 October 2024. Download (1MB) | Request a copy

Abstract

Viral Hemorrhagic Septicemia Virus (VHSV) merupakan anggota genus Novirhabdovirus dalam keluarga Rhabdoviridae. Prevalensi dari tingkat kematian kumulatif yang disebabkan oleh VHSV setinggi 90%. Penelitian VHSV ini biasanya dilakukan dengan menggunakan metode rRT-PCR, tetapi tidak semua laboratorium terutama yang terdapat di daerah terpelosok di dukung oleh alat yang memadai. Di beberapa tempat peralatan yang tersedia untuk deteksi virus adalah RT-PCR sehingga tujuan penelitian ini dilakukan untuk mengetahui hasil deteksi VHSV pada ikan hias air laut dengan metode RT-PCR dan rRT-PCR. Pada penelitian ini menggunakan ikan hias air laut karena ikan hias air laut merupakan komoditi ekspor besar yang memerlukan deteksi VHSV, spesies yang digunakan adalah Chromis viridis, Pomacentrus coelestis, dan Pomacentrus sp. Organ target yang digunakan dalam penelitian ini adalah limpa dan ginjal, karena pada organ tersebut tempat virus paling melimpah. Penelitian ini menggunakan 2 metode yaitu metode RT-PCR dan rRT-PCR dimana pengujian dilakukan dengan 3 tahap yaitu uji sensitivitas, uji spesifisitas, dan uji sampel. Berdasarkan penelitian yang dilakukan didapatkan hasil untuk uji sensitivitas bahwa konsentrasi yang masih dapat terdeteksi oleh metode RT-PCR dan rRT-PCR adalah konsentrasi pengenceran 10-3 dengan jumlah kopi 100 yang teramplifikasi pada band dengan ukuran 77bp. Hasil uji spesifisitas dengan metode RT-PCR yaitu didapatkan hasil primer VHSV yang digunakan pada penelitian ini spesifik karena hanya menghasilkan amplicon pada kontrol positif VHSV, sedangkan untuk kontrol positif Viral Nervous Necrosis, Megalocytivirus, Infectious Hematopietic Necrosis Virus, dan Epizootic Haematopoitic Necrosis Virus tidak terbentuk amplicon sesuai dengan target primer VHSV, sedangkan untuk hasil uji spesifisitas dengan meyode rRT-PCR didapatkan nilai Ct sebesar 40 yang berarti reaksi lemah. Hasil uji sampel dengan metode RT-PCR dan rRT-PCR didapatkan hasil bahwa 5 sampel ikan hias air laut yang sama yang meliputi spesies Chromis viridis, Pomecentus coelestis dan Pomacentrus sp. terkonfirmasi positif VHSV dengan ukuran band 77bp pada metode RT-PCR dan terkonfirmasi positif pada metode rRT-PCR muncul nya nilai Ct yang muncul berkisar diantara 20 untuk kode sampel LSR 10. Untuk sampel dengan kode 1467nilai Ct yang muncul sebesar 25. Untuk sampel dengan kode BC 10.2 nilai Ct muncul sebesar 28. Pada sampel uji dengan kode AFB 10.2 nilai Ct muncul sebesar 30. Dan sampel dengan kode BA 10.4 nilai Ct muncul sebesar 35,56. Dari hasil uji yang dilakukan maka metode RT-PCR dapat digunakan untuk mendeteksi VHSV.
================================================================================================
Viral Hemorrhagic Septicemia Virus (VHSV) is a member of the genus Novirhabdovirus in the family Rhabdoviridae. The prevalence of the cumulative mortality rate attributable to VHSV is as high as 90%. VHSV research is usually carried out using the rRT-PCR method, but not all laboratories, especially those in remote areas, are supported by adequate tools. In some places the available equipment for virus detection is RT-PCR, so the purpose of this study was to determine the results of VHSV detection in seawater ornamental fish using RT-PCR and rRT-PCR methods. In this study using seawater ornamental fish because seawater ornamental fish is a large export commodity that requires VHSV detection, the species used are Chromis viridis, Pomacentrus coelestis, and Pomacentrus sp. The target organs used in this study were the spleen and kidney, because these are the organs where the virus is most abundant. This study used 2 methods, namely the RT-PCR and rRT-PCR methods where the test was carried out in 3 stages, namely sensitivity test, specificity test, and sample test. Based on the research conducted, the results for the sensitivity test showed that the concentration that could still be detected by the RT-PCR and rRT-PCR methods was the 10-3 dilution concentration with 100 copies amplified in the 77bp band. The results of the specificity test using the RT-PCR method showed that the VHSV primer used in this study was specific because it only produced amplicons in positive VHSV controls, while positive controls for Viral Nervous Necrosis, Megalocytivirus, Infectious Hematopietic Necrosis Virus, and Epizootic Haematopoitic Necrosis Virus were not formed. The amplicon corresponds to the VHSV primary target, while for the results of the specificity test using the rRT-PCR method, a Ct value of 40 is obtained, which means the reaction is weak. The results of the sample test using the RT-PCR and rRT-PCR methods showed that 5 samples of the same marine ornamental fish which included Chromis viridis, Pomecentus coelestis and Pomacentrus sp. confirmed positive for VHSV with a band size of 77bp on the RT-PCR method and confirmed positive on the rRT-PCR method, the Ct value that appears ranges from 20 for the sample code LSR 10. For the sample with code 1467 the Ct value that appears is 25. For samples with code BC 10.2 the Ct value appears at 28. In the test sample with code AFB 10.2 the Ct value appears at 30. And the sample with BA code 10.4 the Ct value appears at 35.56. From the results of the tests carried out, the RT-PCR method can be used to detect VHSV.

Item Type:	Thesis (Other)
Uncontrolled Keywords:	VHSV, Metode RT-PCR, RT-PCR Method, rRT-PCR
Subjects:	Q Science > QL Zoology > QL639.1 Fishes--Growth.
Divisions:	Faculty of Science and Data Analytics (SCIENTICS) > Biology > 46201-(S1) Undergraduate Thesis
Depositing User:	Ni Putu Sinta Berliana
Date Deposited:	12 Jul 2022 03:13
Last Modified:	31 Oct 2022 02:23
URI:	http://repository.its.ac.id/id/eprint/94993

Actions (login required)

View Item